郑成功占领厦门和金门后，立刻深入内陆发展势力，当时福建成为三不管地带，满清军队还在仙霞关，广东的明军在潮州。郑成功借着这个机会将泉州府和漳州府二十多万百姓迁往厦门和金门。

不过郑成功的好日子很快到头，满清的福建巡抚佟国鼐到任。除了这些还有李成栋的七八万骑兵，这些久经战阵的士兵那里是郑成功那些渔民能对付的，在弘光三年的三月份，也就是1646年三月，佟国鼐带着五万清军，从郑成功手里夺回了漳州府和泉州府。

满清福建巡抚佟国鼐得知郑成功的主力军队都在大小金门岛，厦门防务松散，似有可趁之机，乃命令马得功、王邦俊等趁虚攻击厦门。马得功挟持身在南安的郑芝豹，命其交出船舰渡载清军往厦门，并且顺利在海面上击败郑军。面对清军来袭，负责厦门防务的郑芝莞未战先怯，只顾著将财物搬运至私人船上逃亡，使得清军相当轻松就攻破厦门，并将郑家的积蓄、装备掠夺一空。由于事出突然，董夫人与郑成功长子郑经只来得及携带祖宗牌位避于海上逃过一劫。

清军侥幸偷袭得逞之后，却没打算留在厦门与郑军决战，于是满载战利品即返回内陆。这时赶赴厦门支援的郑鸿逵，正好于海面遭遇返航之马得功部队，将其围困，却被马得功威胁将害郑芝龙性命，无奈之下只好放走马得功。

不久，郑成功得知了厦门遭袭击的讯息，他没办法不得已班师回厦门。收复厦门后，郑成功追究起责任，将怯战以逃的叔父郑芝莞斩首。而放走马得功的郑鸿逵则交出兵权、自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。同年农历五月，郑鸿逵麾下大将施琅因叛变事泄擅自处决郑成功部将曾德，郑成功以此为由欲诛施琅全家。施琅虽在友人帮助下逃脱，但父亲、胞弟均被处死。从此，施琅与郑成功结下大仇，决定再度降清。

郑氏集团的内部不稳，让郑氏集团实力大损，不过也有一点好处，就是郑成功通过收拾自己的几个叔叔，终于完全的掌握住军队。至此，郑成功在陈永华等文臣，谢永常、刘国轩、杨祖、周全斌等武将的辅佐下，终于在厦门和金门占稳了脚跟。

郑成功在站稳脚跟后第一件事就要找个主子，毕竟现在明朝还占有南方几个省。可是郑成功环顾周围，除了广东的朱宏三竟然没有一个可以拥立的皇帝。得益于朱宏三的黑心肠，隆武皇帝朱聿键皇位还没坐热，就被南下的清军消灭，朱聿键也跳悬崖而死。浙东的鲁王朱以海，被楚王朱宏三连哄再骗弄到广州，然后死的不明不白。

其实按照地缘位置，郑成功应该拥立朱宏三，毕竟近水楼台。可是已经成为军阀的郑成功心思已经不一样了，那里能放弃自己到手的权利。他需要的是一个像汉献帝那样的君主，而不是朱宏三这样实力比自己还大的皇帝。

所以郑成功在考虑再三后，决定派人去广西，给山高皇帝远的朱由榔送去拥立文书。

凭空得到数十万大军，并且还在心腹大敌朱宏三的眼皮下，朱由榔当然高兴，直接给郑成功一个澄海公的名头，同时命令他攻打广东。

朱由榔的圣旨传到福建后，郑成功自然拿皇帝的命令当放屁，给官职收下，但是让我去送死免谈。郑成功以自己刚结束大战为由，婉拒了皇帝的军令，朱由榔虽然有些不高兴，但是山高皇帝远，广西距离福建远隔千里，没办法只有将在外君命不受了！

接下来的朱宏三在广东称帝，朱宏三忙着对付吕宋的西班牙人和发展工业，对近在福建的郑成功并没有什么举动。不过朱宏三手下的那些商人因为利益驱使，和郑成功多有往来，给他运去了紧缺的食盐和粮食。朱宏三打着反清统一战线的主意，对手下这种资敌的行为也就睁一眼闭一眼。

不过这种好日子随着福建和江西的反正到头了，朱宏三在神武元年亲征攻占了南京，立刻声威大震，同时新任福建巡抚袁彭年接到皇帝的命令后，也开始准备对盘踞在厦门、金门的郑成功动手。

郑成功现在完全成了孤魂野鬼，大陆上因为神武朝廷的不合作，已经根本得不到补给。自己虽然水军实力强过福建水师，但是要知道就在长江口，广东海军那十几艘大海船可停在那，如果福建这边有需要完全在半月之内就能赶回来。

和不是，打不是，留也不是，看来只有走了。郑成功在和自己手下商量几日后，决定听取陈永华的建议，全军起锚去台湾。

神武二年二月，被朱宏三逼的没有退路的郑成功，率领众将士在金门“祭天”“礼地”“祭江”，举行隆重的誓师仪式。一切准备就绪，船舰将士集结于料罗湾，候风进发。二十三日，郑成功亲率将士两万五千人、战船三百艘自金门料罗湾出发，向东挺进。