云锦图案的配色，主调鲜明强烈，具有一种庄重、典丽、明快、轩昂的气势，这种配色手法与中国宫殿建筑的彩绘装饰艺术是一脉相承的。
就“妆花缎”织物的地色而言，浅色是很少应用的。除黄色是特用的底色（只有皇帝的袍服和御用的装饰织料才能使用黄地色）外，多是用大红、深蓝、宝蓝、墨绿等深色作底色（也有用黑色作底色的，但极少用）。
而主体花纹的配色，也多用红、蓝、绿、紫（包括酱色）、古铜、鼻烟、藏驼等深色装饰。
由于运用了“色晕”和色彩调和的处理手法，使得深色地上的重彩花，获得了良好的艺术效果，形成了整体配色的庄重、典丽的主调，非常协调于宫廷里辉煌豪华和庄严肃穆的气氛，并对封建帝王的黄色御服起着对比衬托的效果。
在云锦图案的配色中，很多是根据纹样的特定需要，运用浪漫主义的手法进行处理的。如天上的云，有白云、灰云、乌云……，如把云锦中常用的各种云纹按照生活真实的色彩去处理，其结果不但不能产生美感，反而破坏了图案整体配色的和谐。
在云锦纹样设计上，艺人们把云纹设计为“四合云”、“如意云”、“七巧云”、“行云”、“勾云”等等造型，是根据不同云势的特征，运用形式美的法则，把它理想化、典型化了。
它和生活中云的真实形态虽差距很远，但人们看起来却很容易识别出这是云纹的描绘，并且感到它比真实的云更美。这就是艺术创造上典型化、理想化所取得的动人效果。
云锦妆花云纹的配色，大多用红、蓝、绿三种色彩来装饰，并以浅红、浅蓝、浅绿三色作外晕，或通以白色作外晕，以丰富色彩层次的变化，增加其色彩节奏的美感。
蓝色的云、绿色的云是违背生活真实的，但正如词中的“碧云天”一样，千年来脍炙人口，并没有人说它描绘得不真实，相反地却交口赞誉其传神。
云锦妆花织物上云纹的这种配色，也就是这个道理。它不仅丰富了整个纹样色彩的变化，而且加以金线绞边，这就更符合人们对祥云、瑞气和神仙境界的想像与描绘。
五彩祥云和金龙组合在一起，表现出“龙”翱翔于九天之上，就更符合于封建统治者的心理，为统治者所喜爱。
又如生活中的莲花，有红色，有粉色，有白色；然云锦图案中的莲花，多用蓝灰或紫灰颜色表现。云锦中“缠枝莲”的图案，应用是很多的，这是由佛教艺术影响而来。宗教艺术常常要求表现庄严、沉着、宁静。
蓝灰和紫灰色的莲花，虽然是违背生活真实的，但它却符合宗教的要求，符合艺术的法则，因为这种配色适合于具体图案色彩变化的需要，因此人们承认了它，并且喜爱了它。
在云锦图案的配色中，还大量地使用了金、银（金线、片金，银线、片银）这两种光泽色。金、银两种色，可以与任何色彩相调和。
“妆花”织物中的全部花纹是用片金绞边，部分花纹还用金线、银线装饰（“金宝地”织物，使用金银线就更多了）。
金银在设色对比强烈的云锦图案中，不仅起着调和和统一全局色彩的作用，同时还使整个织物增添了辉煌的富丽感，使之更加绚丽悦目。这种金彩交辉、富丽辉煌的色彩装饰效果，是云锦特有的艺术特色。
云锦妆花织物的配色，之所以能够获得浓而不重、艳而不俗、对比而不刺激的庄重典丽效果，是由于它巧妙地运用了“色晕”的装饰方法和“片金绞边”、“大白相间”对比调和的处理技巧。
所谓色晕，就是色彩的浓淡、层次和节奏的表现。色晕（亦叫“润色”）的具体运用，就是将图案的大朵主题花和某些块面较大的宾花，用深浅不同的色调，几重织出。
大朵的主题花，一般多用“三晕”表现。较大块面的宾花，视花纹块面的大小和整体配色的变化需要，有用“三晕”表现的，也有用“两晕”表现的。
三晕，即分成三段层次的色阶；两晕，即分成两段层次的色阶，形成节奏分明、逐深逐浅的色彩层次，表现出花纹的立体效果和生动精神。
由于深浅色阶的过渡和变化，不仅减弱了地和花，或花与花之间色彩对比的刺激性，同时也增添了色彩的节奏感与韵律感。
再加以“片金绞边”，使彩花更加显现突出；“大白相间”使对比强烈的色彩得以统一调和，因而使得整个纹样的配色，获得了庄重典丽、繁而不乱、明快醒目、统一和谐的优美效果。
色晕的运用，有两种方法，里深外浅的（如最里层晕色为大红、中层晕色为浅红、外层晕则为粉红），叫做“正晕”；外深里浅的，叫做“反晕”（艺人也叫它为“反绞”）。
正晕、反晕的运用，是根据纹样“显妆”的要求和整体色彩变化的需要来决定。通常运用的，主要是正晕。有时织品的地色为浅色，适当地运用一些反晕，则更能突出显妆的效果。
也有时在大片的正晕花纹中，有意识地穿插一点反晕的小花纹，可以起到“平中求奇”的变化效果。一般说来，除特殊情况、特殊需要外，都是运用正晕表现为主，反晕只是作为陪衬和点缀而已。
如果不恰当地运用了反晕，艺人则叫它为“海绞”。海绞的意思，就是不合法度的晕法，它在色彩的整体效果上是起破坏作用的。
色晕也叫做“润色”（简称之为“润”），分“两润色”和“三润色”两种。两晕色（两润）：深、浅红；葵黄、绿；玉白、蓝；古铜、紫；羽灰、蓝；三晕色（三润）：水红、银红配大红；葵黄、广绿配石青；藕荷、青莲配紫酱；玉白、古月配宝蓝；秋香、古铜配鼻烟；银灰、瓦灰配鸽灰；枣酱、葡灰配古铜；深、浅古铜配藏驼。这虽是一个不完全的材料，却是云锦织造配色在长期的实践中，锤炼出来的规律和经验。
色晕的口诀有多少，时间已久，无法查考。过去师傅传徒弟，总要留一手看家本领。代代相传，各留一手，到后来就所剩无几了。
云锦使用的色彩，名目非常丰富。如把明、清两代江宁官办织局使用的色彩名目，从有关的档案材料中去发掘，再结合传世的实物材料去对照鉴别，可整理出一份名目极为丰富并具有民族传统特色的云锦配色色谱来。清朝末年以后，民间云锦织造业常用的色彩约有数十种。
赤橙色系
属于赤色和橙色系统的有大红、正红、朱红、银红、水红、粉红、南红、桃红、柿红、妃红、印红、蜜红、豆灰、珊瑚、红酱等。
黄绿色系
属于黄色和绿色系统的有正黄、明黄、槐黄、金黄、葵黄、杏黄、鹅黄、沉香、香色、古铜、栗壳、鼻烟、藏驼、广绿、油绿、芽绿、松绿、果绿、墨绿、秋香等。
青紫色系
属于青色和紫色系统的有海蓝、宝蓝、品蓝、翠蓝、孔雀蓝、藏青、蟹青、石青、古月、正月、皎月、湖色、铁灰、瓦灰、银灰、鸽灰、葡灰、藕荷、青莲、紫酱、芦酱、枣酱、京酱、墨酱等。
云锦图案常用的图案格式有：“团花”、“散花”、“满花”、“缠枝”、“串枝”、“折枝”、“锦群”几种。
“团花”，就是圆形的团纹，民间机坊的术语叫它为“光”。