雨秋家的领地内风调雨顺之时，近畿的局势却并不平稳。
三好家完成了对摄津一国的压制之后，就把目光投向了摄津西边的播磨。播磨国小豪族林立，西播磨赤松家和赤松分家、东播磨别所家、中播磨小寺家等诸多豪族都有着自己的势力范围，想要处理起来可以说是十分麻烦。而在备前地区拥有强大实力的浦上家，也因为浦上政宗、浦上青宗父子的死而对赤松分家怀恨在心。浦上家新任家督浦上宗景无时无刻不想着杀死赤松分家的赤松政秀，因而也已经染指播磨。想要压制播磨，势必要投入大量的军力。
可是此时此刻，三好家却发现原本安如泰山的四国大本营也发生了波动。土佐的长宗我部家在新当主“姬若子”长宗我部元亲的带领下一路高歌猛进，先后消灭了本山家，兼并了吉良家，几乎统一了东土佐。如果不对他加以限制的话，日后说不定就会威胁到三好家在四国的大本营阿波国和赞岐国。
而在摄津国北方的丹波国，同样发生了一件大事。三好家在丹波方面的重臣松永长赖，也是就松永久秀的弟弟，意外地在和丹波波多野家的战斗中被赤井直正讨死，导致三好家的丹波军团元气大伤。松永长赖的儿子内藤如安还是一个15岁的毛头小子，如何挡得住波多野家的攻击？（松永长赖当年为了在丹波国获得名分，娶了丹波守护代内藤国贞的女儿，并改姓内藤，他的儿子内藤如安也继承了丹波守护代的官职。在雨秋平前世的历史上，这位内藤如安可是成为了一个了不起的大名人。在丰臣秀吉发动的侵朝战争中，他多次作为日方的使节前去和大明谈判。因为史料记录的错误，内藤如安被大名和朝鲜方的史料误记成了鼎鼎大名的“小西飞”。）随着三好家在丹波不断败退，摄津国北边的安全也受到了威胁。
于是，在这样的情势下，三好长庆作出了安排。他亲自回到四国，支援正在和长宗我部元亲作对的安艺国虎。而十河一存则带领着赞岐众、三好三人众（三好长逸、三好政康、岩成友通）率领摄津国和部分来自河内、和泉的部队与安宅冬康的淡路水军一起试图压制播磨。三好家在的河内、和泉交由三好长庆的嫡长子三好义兴负责。三好义贤则率领着渡海而来的阿波众留守摄津，提防波多野家的进犯。
在看到三好家四处出兵，没有留下多少预备部队后，将军足利义辉的心思立刻活络起来。三年前，他联络六角家、北畠家和畠山家和三好家作战，却不幸落败，辛辛苦苦积累了好久的实力再次受损。而六角家也在观音寺骚动后元气大伤，使得足利义辉失去了外援。卧薪尝胆三年后，他终于等到了三好家大军出动，无力照顾近畿的机会，这位剑豪将军再次为了复兴室町幕府的权威而活动起来。
而他选择的切入点，就是大和。
足利氏的室町幕府，设立在二条御所，位于日本六十六国之一的山城国内。而大和国，正位于山城国的正南方，此刻正控制在松永久秀手中。
足利义辉趁着三好家无暇顾及他的时候，插手大和，支持先前被松永久秀击败的兴福寺筒井家再次起兵。不过，筒井家之前就不是松永久秀的对手，这次更加不是。足利义辉的奉公众和筒井家的联军被松永久秀打得打败，落荒而逃。
不过，足利义辉也不是特别担心。靠着足利幕府将军尚存的权威，足利义辉也不是第一次进行这样的扶持操作，大家也不敢对他太过无礼。他之前就曾经三次逃离京都，流亡在外，最后却依然能够重返京都。然而这一次，等待的他却并不是三好家或者松永家发来的警告，而是三好义贤和松永久秀的大军。
不管是松永久秀，还是三好家，早就对这个足利将军看得不爽了。他们想要的是一个甘于听命的傀儡将军，而不是一个每天上下活动，致力于恢复足利家昔日辉煌的剑豪将军。松永久秀在这一次和筒井家的战争后，就写信给三好义贤，邀请他一起出兵。
说来也是奇怪，三好家和松永家的关系居然没有因为松永久秀的“谋杀未遂”而陷入冰点。不知道是松永久秀之前和三好家颇有渊源（比如三好义贤和松永久秀二人就都和堺町商人保持着良好的关系），还是因为三好家也认同松永久秀的实力，亦或是他们不得不与松永家合作——反正现在松永家和三好家之间的关系，就如同英国和美国那样紧密。不仅在之前组成联军击败了足利义辉和六角义贤等人，这一次有一同进兵包围了二条御所。
·
二条御所被围，狼狈不堪的足利义辉匆忙打算故技重施，搬出朝廷来进行调停。之前的教兴寺之战之后，就是朝廷为他调停了和三好家的战争，让他得以重返京都。
然而，这一次三好义贤和松永久秀却异乎寻常地顽固，一口回绝了朝廷的请求。他们挑好了代替足利义辉的人，那就是足利义辉的从弟——十二代将军足利义晴之弟足利义维的儿子，足利义荣。此人毫无主见，足够听话，一看就是一个很好利用的傀儡。
足利义辉得知此事后才大惊失色，意识到这一次将军之位很有可能不保。他匆忙派人叫来堺町的商人，靠着和三好义贤和松永久秀良好的关系来调停此事。然而，素来因为和堺町关系良好，而有着“三好家的钱袋子”之称的三好义贤，这次却没有给商人朋友们面子，依旧拒绝了这一请求，看来是铁了心要罢黜将军了。
得知三好松永联军包围京都后，一直对幕府和旧制度忠心耿耿的畠山高政勃然大怒。他再次从纪伊起兵，宣布讨伐三好长庆，却被三好义兴在岸和田城城外击败。而六角家在观音寺骚动后威望尽失，曾经作为近畿一霸的他甚至无法召集豪族的军势，只得率领本家的直辖前去京都支援将军，也被松永久秀挡在濑田以东无法接近京都。无可奈何之下，足利义辉只得妥协。
在雨秋平前世的历史上，松永久秀正是在这一次行动中杀害了将军足利义辉，史称永禄大逆。他也凭借这次血腥火爆的“下克上”，成为了战国乱世名声最丑的阴谋家。然而，历史上的那次永禄大逆，三好一方的参与者是被松永久秀利用了的三好三人众，三好长庆等人早已先后故去。而在这一世，英明的三好长庆自然不会允许三好家犯天下之大不韪，背上杀害武士领袖——足利幕府将军的骂名。因此，他授意三好义贤不准加害足利义辉。在三好义贤的坚持下，松永久秀也只得打消了自己斩草除根，将足利义辉永久消灭的念头。
永禄八年（1565）五月二十三日，历史上永禄之变的四天后，足利义辉被迫屈服于三好家和松永家的大军，将将军之位让与足利义荣。而他本人，则被松永久秀软禁在槙岛城内。而朝廷也很识时务，很快就下旨认可了足利义荣的将军之位，还在松永久秀的暗中要求下赐予他山城守护代的职务。而山城国和京都，也被名正言顺的松永久秀控制住了，三好家只得退兵离开。
·
就当松永久秀以为大功告成之时，足利义辉却再次证明了自己不是省油的的灯。
在家臣细川藤孝和六角家的和田惟正等人的营救下，足利义辉居然从戒备森严的槙岛城里逃了出来，而且还带着嫡长子足利辉若丸一同离开！
气急败坏的松永久秀立刻派人追击，却受阻于六角家的军队，眼睁睁地看着足利义辉从他的眼皮子底下飞了。他立刻派出使者再次联络三好家，要求三好家一同出兵，同他一起讨伐藏匿足利义辉的六角家——却被三好义贤一口回绝。
松永久秀立刻意识到了足利义辉逃跑这件事，与三好家必定脱不了干系。他派出忍者前去调查，居然发现槙岛城的守卫有不少人在足利义辉逃走的那天玩忽职守放走了足利义辉，又在之后不久逃之夭夭。松永久秀本以为他们是畏罪潜逃，可是却在三好家的居城饭盛山城之内发现了其中几人的踪迹。事情已经很清楚了，正是三好义贤指示他们放走了足利义辉到六角家。
而一心想要复兴足利幕府的足利义辉，果然在逃离险境后立刻宣布松永久秀是叛逆，他所拥立的足利义荣也是“伪将军”，要求各地大名骑兵讨伐松永久秀，替他夺回二条御所。
恍然大悟的松永久秀终于意识到了问题。三好义贤之所以拱手将山城国让给他，就是想将他推到风口浪尖上，放在火上烤。可是当时的他权欲熏心，满脑子想着都是控制天下的权力中枢——二条御所和朝廷。靠着阴谋取得山城国控制权的松永久秀搬石砸脚，成为了各地大名的靶子，也成了足利义辉的目标。