陈永华和郑经等人来到水军码头后并没有随军出击，陈永华担心施琅会使连环计，趁明军去救厦门之际趁机发军来进攻金门，要是没有水军的保护，那么明军很难阻止清军的战船登陆，而且这个时候厦门方面的水军很有可能已经全军覆灭了，于是留下了一部分水军，连同大军都调到北面防止清军登陆。

马港水军的码头内停靠着大批水军军船，船上这时候都满载着杀气腾腾的清军将士，水港内传来一阵阵嘹亮的军号声，在三十多艘战船的附送之下，清军舰队向南方北方驶去。

明军在金门岛上的陆军总数在一万五千人左右，这时候在郑经的调配之下有一万余人都聚集在狮山一带，这里地势稍高，可以查看到东北面的海面上的动向，郑经安排了大量的巡哨马山，天马山和五龙山一带，众人已经等待多时，但是料想中清军的登陆战船却迟迟没有出现。

这个时候天色已经暗了下来，明军可谓是主动全失，完全落入了清军的节奏之中，整个事情的经过像是清军早早的安排好的一样。

金门岛距离厦门城最近的地方只有五里多，这个时候厦门城内火光冲天，在渐渐降临的夜幕下显得十分醒目，小金门的明军守军情知不妙，连忙将这一消息向金门方向的明军报告，消息传到郑经这里时，两人这才发觉又一次上当。

清军的部队的目标自然不是水军力量强大的金门，而是对准了三面被围的厦门城，此时厦门城外的清军已经做好了合围前的最后的准备，清军水军在蒙蒙夜色的掩护之下，趁黑登陆在厦门城外东面的空地上，随军的三十余艘战船则向前驶进，将炮口对准了厦门城的城墙，猛烈的炮火就是小金门岛上明军看见的火光，清军的炮火十分猛烈，这就像是清军约定好的进攻信号一般，清军从西南北三面同时发起了猛烈的进攻。

厦门的城墙是明朝时候修建的，城墙比较高大，东西城墙宽为八里，南北城墙长为十里，明军在城内的守城士兵人数只有不到一万人，根本就守不住四面城墙，尽管明军将士浴血奋战，猛烈的火炮和居高临下的巨石给进攻的清军造成了惨重的伤亡，但是苦战半夜的明军最终还是没有守住厦门城，清军进攻最猛烈的东门最先告破，守卫东门的明军士兵人数最少，却要单独面对战力最强同时也是人数最多的八旗清军的进攻，只守了三个多时辰便因为伤亡惨重而无力再战。

清军军中有数量在五百人左右的白甲军，这些人战力强横，最先登上了厦门城的城墙，他们手中持有九尺长的横刀，横刀是精铁打造而成，他们右手顶着一面蒙着三层熟牛皮的圆盾，一手托着横刀，动作十分敏捷，这些人率先冲上城墙，手中的横刀带起阵阵白练，混合着明军士兵的残肢断臂，城墙上很快便被这些人打开了一块块空缺，后续的清军在这些人的保护之下得以顺利登上城墙，清军训练有素的结成阵势，明军抵挡不住，被杀的纷纷败退，城墙上的空缺越拉越大，渐渐地整个东城墙上的清军的数量已经超过了守城的明军了，清军先锋攻上了城墙，明军士兵便无法继续朝城下的清军开炮还击了，数百名清军将一根粗大的沉木抱起，呐喊着向厦门城东面的城门撞去，这面高大的城门之前已经被清军的炮火轰击过数十轮，城门外面的铁皮被烧得通红，里面的实木也发出浓浓的黑烟，在清军的攻城锥一撞之下便破了一个大洞，城门后面守着上百名明军士兵，由于城门内外都附有铁皮，这个时候表面上的温度很高，明军士兵无法贴上去防守，之后在城门后面结成阵势，他们无法顾忌城墙上惨烈的厮杀，他们坚守在自己的阵地上，他们的任务只有一个，就是保护住城门的安全。

“咚”的一声，城门上的铁皮被砸出了一个更大的破洞，明军士兵紧张的握住手里的武器，从城门的洞中就可以看见城外密密麻麻的清军士兵，和他们眼中凶狠的神情。

明军一名低级将领正在声嘶力竭的鼓励士兵，他大声喊着一些试图鼓舞士气的话，明军阵中一片安静，除了这名军官的话外，只听见一声又一声撞门声，“咚！”